Stroheinstreu gilt Tierschützern als Indikator für eine besonders tiergerechte Tierhaltung. Dass damit auch Risiken für die Tiere und das Betreuungspersonal verbunden sind, blenden viele Personen aus. Der Veterinärmediziner Prof. Franz J. Conraths vom Friedrich-Loeffler-Institut hält auf Nachfrage von agrarheute Einstreu als Hauptrisikofaktor für die hochinfektiöse Geflügelgrippe. Ein Kothaufen eines Wildvogels reiche aus, um eine ganze Herde zu infizieren.
Das Risiko lässt sich auf andere Tierarten übertragen.So gilt die Einstreu für die Brucellose als Hauptvektor.
Bei der Diskussion um das geeignete org. Beschäftigungsmaterial dürfen derartige Risiken auf keinen Fall ausgeblendet werden. Das gilt inbesondere für Regionen mit hohem Wildschweineaufkommen. Erstaunlich ist, dass sich sowohl die Berufsgenossenschaften, die Tierseuchenkassen und die Versicherungsunternehmen derzeit bei den Diskussionen um mehr Tierwohl (durch Stroh) zurückhalten.

Mögliche Alternativen könnte hygienisiertes Beschäftigungsmaterial sein.